בית שערים נמצאת בדרום-מערב בגליל התחתון, על גבעות אלונים-שפרעם. אלו גבעות נמוכות העשויות מקירטון רך ועליו שכבת גיר קשה המוכנה "נארי", ביניהן עמקים בהם ישנה קרקע חומה מסוג רנדזינה שנוצרת מבליית הסלע. הגבעה עליה נמצא הישוב היא בגובה 110 מטר לערך. ומבחינה התיישבותית היא בין מגידו לציפורי ועכו.

יוסף בן מתתיהו (בספרו חיי יוסף) מספר שבית שערים היה כפר גדול בימי הבית השני, רק לאחר מרד בר כוכבא התרחב והפך לישוב, בהשפעת פליטי המרד שנדדו מיהודה לגליל. עוד מספר יוסף שלברניקי (אחותו של המלך אגריפס השני) היה בה מרכז לאיחסון תבואה משדות העמק.

ייחודו של בית שערים ופרסומו בא בעקבות הנקרופוליס (עיר המתים=בית קברות) שנתגלה לצידו. תחילתה עוד בימי הבית השני, אך רובה מהתקופה שלאחר החורבן.

לאחר החורבן, נדדה הסנהדרין בין עשר מקומות, וביניהם לבית שערים (ראש השנה דף לא) "א"ר יוחנן עשר מסעות נסעה שכינה מקראי וכנגדן גלתה סנהדרין… מלשכת הגזית לחנות, ומחנות לירושלים, ומירושלים ליבנה, ומיבנה לאושא, ומאושא ליבנה, ומיבנה לאושא, ומאושא לשפרעם, ומשפרעם לבית שערים, ומבית שערים לצפורי, ומצפורי לטבריא".

ר יוחנן בן נורי חברו של רבי עקיבא (בבלי מסכת ראש השנה דף לב) גר בה, אח"כ הגיע אליה רבי יהודה הנשיא וחי בה בעשורים האחרונים לחייו, כשהוא משמש ראש הסנהדרין. אם כי כשחלה עבר לציפורי הסמוכה, מפני שאוירה טוב משל בית שערים שנמוכה ממנה, וכך מספרת הגמרא (כתובות דף קג): "תניא רבי מוטל בציפורי ומקום מוכן לו בבית שערים. והתניא (דברים טז') "צדק צדק תרדף" הלך אחר ר' לבית שערים? ר' בבית שערים הוה, אלא כיון דחלש אמטיוהי לציפורי דמדליא ובסים אוירא" (רבי גר בבית שערים. כיון שחלה, העבירוהו לציפורי שגבוהה היא ומתוך כך יש בה אויר טוב).

פרשת פטירתו של רבי ומסע הלוויתו מתוארים בגמרא (שם) באריכות. נראה שמאז הפכה בית שערים לבית עלמין נחשק עבור יהודים מהארץ ומהתפוצות.

הממצאים המאוחרים ביותר בבית שערים הם מסוף המאה הרביעית, הראה שאז ננטש הישוב כתוצאה ממרד גאלוס או מסיבות אחרות (רעידת אדמה?) ומאז חיו בו רק נכרים.

בשנת תר"פ (1920) רכשה הקק"ל את אדמות האזור שננטשו ותושביהן עברו לגולן, והעמידה אותן לרשות משפחת זייד שהיגרה הנה מכפר גלעדי.

בן המשפחה, אלכסנדר הקים קבוצות חקלאיות שעסקו במרעה ושמירת האדמות, תחילה קבוצת הרועים ואחר כך ארגון השומר ואגודת השומרים.

באזור הוקמו ישובי פועלים וקיבוצים שונים, חלקם קיים באזור זה עד ימינו.

משבנה אלכסנדר זייד את ביתו זיהה שרידים ארכיאלוגים, בעקבות כך הזמין את הארכיאולוג בנימין מזר לחפור אותם, וכך נתגלה בית הכנסת.

בשנת תרצ"ח (1939) נרצח אלכסנדר הי"ד בידי ערביי הסביבה בלכתו לקיבוץ אלונים הסמוך, עת שמע אזעקת פעמון וסבר כי התעוררה בעיה במקום.

החפירות במקום המשיכו והעלו את בית הקברות אשר בתחתית הגבעה, בתי מגורים ועוד. עד אז לא נודע מקומה של בית שערים והיו שסברו שהיא נמצאת מזרחית לגבעה זו, על כן נקרא שם הישוב השוכן ליד נהלל בשם בית שערים.

בין המערות שנחפרו בולטת אחת ובה מאות ארונות אבן (סרקופגים) ועל חלקם שמות כמו חנינא, גמליאל ועוד, כשמות בניו של רבי יהודה הנשיא. מקובל איפה שזו מערת קבורתו.